V červnu 2001 k nám dorazila nová konzole od společnosti Nintendo - Game Boy Advance. Na rozdíl od Game Boy Color, který přinesl v podstatě pouze barevnou obrazovku, Game Boy Advance přišel již s rozsáhlejšími změnami. Jedná se o 32-bitový systém s poměrně silným procesorem (na tu dobu), který uměl zobrazit pokročilou grafiku a dokonce přehrát hlasy. Zároveň přišel s novým praktickým designem, který umožňoval lepší požitek z hraní.
Pokémon Ruby, Sapphire (2003) a Emerald (2005)
Necelý rok po příchodu konzole vyšly nové hry Pokémon Ruby a Pokémon Sapphire. Ty nám představily novou generaci pokémonů a také region Hoenn inspirovaný ostrovem Kjúšú v Japonsku. Celý region má v podstatě stejný tvar, jen je otočen o 90°. Příběh této dvojice her se točil kolem konfliktu týmu Magma, který chtěl ovládnout legendárního pokémona Groudona (který je zároveň symbolem pro verzi Ruby) a týmu Aqua, který měl stejné plány s Kyogrem (který je symbolem pro Sapphire). Celá potyčka je pak zastřešena klasickým sbíráním odznaků a nakonec poražením místního šampiona.
Dva roky poté vyšla (jak už tomu bylo zvykem) i třetí hra, jejíž symbolem byla Rayquaza. Stejně jako Pokémon Crystal u druhé generace i tato hra přinesla několik novinek, které v původní dvojici nebyly. Hra se stala tak úspěšnou, že skončila na druhém místě v prodejích roku 2005 v severní Americe.
Pokémon FireRed a LeafGreen (2004)
Během pauzy mezi dvojicí Pokémon Ruby a Sapphire a Pokémon Emerald se společnost Game Freak uchýlila k zajímavému kroku - přepracovat původní hry Red, Blue a Green do moderního kabátku. Vznikla tak dvojice her Pokémon FireRed a LeafGreen, které hráči nabídly kompletně přepracované Kanto do podoby hodné Game Boy Advance a také přinesly kompletně nové mechaniky z her třetí generace. To v podstatě spustilo trend remaků, na které se můžeme pravidelně těšit.
Pokémon Mystery Dungeon: Red Rescue Team a Blue Rescue Team (2006)
V roce 2006 přišlo Nintendo s novou dvojicí her Pokémon Mystery Dungeon. Jednalo se v podstatě o takovou spojku mezi Game Boy Advance a Nintendo DS, jelikož každý díl vyšel na jinou konzoli, přičemž oba díly byly téměř beze změny (až na pár exkluzivních pokémonů). V těchto hrách můžeme ovládat přímo Pokémona a probojovávat se různými úrovněmi. Celý systém se zakládá na tazích, kdy každý krok, útok nebo použití předmětu se počítá právě jako tah.
